Без разницы, если восстанавливаешь раздел, он будет перезаписан копией.
Но, если выбирешь восстановить раздел и МВР, то системный восстановишь, а остальные разделы диска снесёшь.
Поэтому смотри внимательно, что выбираешь и куда восстанавливаешь.
Можешь удалять, форматировать, а можешь этого и не делать, бо копия и так всё затрёт.