Если эти папки находятся где-то в user/ application data, то очень даже могут. По этому адресу много различного софта размещают свои файлы настроек, кэш и прочее, что далеко не всегда удаляется стандартными средствами, если решила программу удалить. Оставаясь здесь даже после удаления программы, в дальнейшем эти хвосты способны влиять на работоспособность обновленных версий удаленной программы. Например, Опера. Эту негодяйку весьма желательно устанавливать "на чистую", то есть, без остатков следов предыдущей версии. И при удалении в этих папках от нее много хвостов остается, которые нужно удалить ручками. Вот для подобных случаев доступ к такого рода папкам весьма желателен.